افشاي نامه محرمانه امام خميني (ره)، انعكاس گسترده‌اي در رسانه‌هاي بيگانه داشت و قريب به اتفاق آنها، جمهوري اسلامي را متهم به تلاش براي به دست آوردن سلاح‌هاي اتمي كردند.

به گزارش خبرنگار «بازتاب»، راديو فردا، ارگان سازمان سيا نوشت: «نامه آيت‌الله خميني نظر آقاي هاشمي را در اين مورد که نامه فرمانده سپاه خطاب به آقاي خميني بوده، تاييد نمي‌کند، زيرا آيت‌الله خميني در نامه خود درباره پذيرفتن قطعنامه به نامه آقاي رضايي اشاره کرده باشد، اما روشن نيست که اين نامه را فرمانده سپاه براي شخص او نوشته، در واقع از فحواي نوشته بر مي‌آيد که چنين نامه‌اي به رويت آقاي خميني رسيده ولي خطاب به او نبوده است.

اما متن کامل نامه که براي نخستين بار منتشر شده حاوي مطلبي است که براي اولين بار رسماً فاش مي‌شود و تاکنون همواره رهبران جمهوري اسلامي منکر آن بودند و آن اين که دست‌کم فرماندهان سپاه از 18 سال پيش خواهان در اختيار داشتن سلاح اتمي بوده‌اند.
اين راديو مي‌افزايد: «تاکنون همواره رهبران سياسي و نظامي ايران از جمله آيت‌الله علي خامنه‌اي، آيت‌الله هاشمي رفسنجاني، آيت‌الله محمد خاتمي، محمود احمدي‌نژاد، غلامعلي حداد عادل و ديگران اين موضوع را که جمهوري اسلامي درصدد دستيابي به بمب اتمي بوده يا مي‌باشد را قاطعانه رد کرده‌اند و نامه آقاي رضايي به آقاي هاشمي نخستين سندي است از داخل جمهوري اسلامي، مبني بر اين که فرماندهان نظامي جمهوري اسلامي دستيابي به سلاح اتمي را ضروري مي‌دانسته اند.

علاوه بر اين موضوعي که مورد توجه رسانه‌هاي داخلي و بين‌المللي قرار نگرفته، تمهيداتي است که آقاي هاشمي در ارائه اين نامه و ظاهراً چند نامه ديگر به آقاي خميني به کار برده است. بر اساس آنچه در روزهاي اخير در رسانه‌هاي داخلي منتشر شده، آقاي هاشمي که آن زمان رئيس مجلس و فرمانده جنگ و در مقام جانشين فرمانده کل قوا بود، علاوه بر نامه ياد شده از فرمانده سپاه پاسداران، نامه‌هايي از مسئولان اقتصادي و سياسي وقت داير برعدم توانايي اقتصاد کشور در تحمل هزينه‌هاي روزافزون جنگ، نامه‌اي از آقاي خاتمي وزير ارشاد حاکي از روي گرداندن بسيجي‌ها و مردم از جبهه‌هاي جنگ، و نامه‌اي از فرمانده ارتش که مخالف با داخل شدن در خاک عراق بوده را مجموعا به آيت‌الله خميني ارائه داده و عملاً از او خواسته درباره سرنوشت جنگ تصميم بگيرد.»

«بي.بي.سي» نيز تصوير امام خميني (ره) را در كنار تيتر «پيشنهاد ساخت سلاح اتمی به آيت‌الله خمينی» منتشر كرد و افزود: «نامه محرمانه آيت الله خمينی، رهبر پيشين ايران در مورد پايان جنگ با عراق که برای نخستين بار علنی شده حاوی عبارتی است که نشان می‌دهد فرمانده وقت سپاه پاسداران، دستيابی به تجهيزات نظامی پيشرفته، از جمله سلاح‌های اتمی را برای پايان موفقيت‌آميز جنگ ضروری می‌دانسته است...اين نخستين بار است که از قول يکی از مقام‌های عاليرتبه نظامی ايران، پيشنهاد ساخت جنگ افزار اتمی مطرح می‌شود.»

تحليلگر رسانه دولت انگليس هم نوشت: «به نظر می‌رسد، مشاجره پنهان آقای رفسنجانی و محسن رضايی، بی‌ارتباط با بحران هسته‌ای ايران و روابط خارجی ايران نباشد.
محسن رضايی از منتقدان سرسخت هيأت مذاکره کننده هسته‌‌ای ايران در دولت محمد خاتمی است، هيأتی که عموما متشکل از متحدان آقای رفسنجانی بود.
آقای رفسنجانی نيز به نوبه خود از نحوه عملکرد هيأت مذاکره کننده ايرانی در دولت محمود احمدی‌نژاد ناراضی است و اين نارضايتی را بارها با الفاظی ديپلماتيک ابراز کرده است.»

راديو فردا، وابسته به سازمان سيا امروز نيز درباره واكنش رسانه‌هاي ايران به انتشار نامه امام (ره) نوشت: «اما رسانه‌هاي اصلاح‌طلب خواهان آن شدند که با توجه به محتواي نامه، منافع ملت را بر به اصطلاح آبروي خود ترجيح داده و در شرايط بين‌المللي کنوني از همان قاعده‌اي پيروي کنند که آيت‌الله خميني کرده بود؛ يعني «براي صيانت از دين و حفاظت از جمهوري اسلامي اگر آبرويي داشته باشند خرج کنند و به بحران اتمي پايان دهند». روزنامه کارگزاران در سرمقاله خود به رهبر جمهوري اسلامي توصيه مي‌کند با همان شهامت و واقع بيني آيت‌الله خميني با گذشتن از آبروي خويش و پذيرش تعليق غني‌سازي، نقطه پاياني بر بحران به وجود آمده بگذارد. »

در همين حال «يونايتدپرس اينترنشنال» نوشت: نامه‌اي از آيت‌الله خميني كه در سال 1988 نوشته شده بوده است، مي‌گويد كه ايران براي پيروزي بر عراق جنگ نياز به سلاح اتمي دارد.

هاشمي رفسنجاني، رئيس‌جمهور سابق ايران اين نامه را در جريان بحث با يك فرمانده نظامي در مورد مسئوليت آتش‌بس سال 1988 فاش كرد. در اين نامه فرمانده ارشد نظامي ايران در آن زمان اعلام مي‌كند كه ايران نياز به ادامه جنگ دارد.